WordPressのカスタムメニューに「nofollow」を設定する方法です。ソースコードを書き換える必要はありません。管理画面から設定出来ます。
カスタムメニューにnofollowを設定
「外観 > メニュー」をクリックしてメニュー編集ページを開きます。
右上に見える「表示オプション」をクリック。
「自分とリンク先の関係/間柄 (XFN)」にチェックを入れます。
するとメニューの項目に「自分とリンク先の関係/間柄 (XFN)」という項目が現れます。こちらに「nofollow」と入力しましょう。nofollow設定したいメニュー全てに入力したら、青いボタン「メニューを保存」をクリックして設定を保存します。
これでカスタムメニューにnofollowが設定出来ます。
参考になったページはこちら。
こちらの記事に書いてあるんですけど、内部リンクにnofollow設定をしても意味は無いようですね。
本当にnofollowが必要な時にのみ設定するようにしましょう。