分かってしまえば灯台下暗しな内容だったのですが、EC-CUBEで新規の独自ページでヘッダーとフッターが読み込まれなくて色々調べていました。
これの解決方法が分かったのでメモです。
共通のヘッダーとフッターを独自ページで読み込む
実際の所簡単な内容なのですが、自分と同じように何時間もクラスファイルを彷徨うはめになる人を減らすべく。
手順
管理画面の[デザイン管理] -> [PC or モバイル or スマートフォン] -> [ページ詳細設定]を開く。

共通のヘッダーとフッターを読み込みたい独自ページを編集可能ページ一覧から選び、「レイアウト」項目の編集ボタンをクリック。
下記画像のように、「共通のヘッダーを使用する」「共通のフッターを使用する」というチェックボックスがあるのでチェックを入れる。

…これだけです。自分はこれに全く気付かず、クラスファイルを眺めまくっていました。